Dans les Pyrénées, où plusieurs espèces de vautours peuvent se rassembler sur une même charogne, les bactéries présentes à l'intérieur de leurs organismes se comportent de manière tout à fait inattendue. Une nouvelle étude dirigée par l'Institut d'écologie des Pyrénées du CSIC a montré que chacune des quatre espèces européennes — le gypaète barbu, le vautour fauve, le percnoptère et le vautour moine — développe son propre microbiome, unique en son genre, même lorsque les oiseaux partagent une même carcasse.
Les chercheurs ont analysé des prélèvements effectués sur 155 oiseaux sauvages, dans quatre zones du corps : la face, le bec, la trachée et le cloaque. L'espèce de l'oiseau expliquait 18 % des différences dans la composition du microbiome, tandis que la zone du corps n'en expliquait que 9 %. Cela signifie que « qui tu es » compte plus que « où l'on t'observe ». Le milan royal, qui ne se nourrit pas exclusivement de charognes, présente lui aussi une image caractéristique de son espèce.
Le microbiome n'est pas un simple ensemble de bactéries, mais tout un écosystème qui participe à la digestion, à la neutralisation des toxines et à la protection contre les agents pathogènes. Jusqu'ici, ces communautés chez les charognards n'avaient presque pas été étudiées dans des conditions naturelles. Désormais, il est clair qu'un simple contact avec les mêmes bactéries sur une carcasse ne garantit pas leur installation dans l'organisme. Chaque espèce décide elle-même quels microbes resteront vivre.
Cette découverte est particulièrement importante pour l'Espagne, où se concentrent les plus grandes populations de vautours d'Europe. Les prélèvements ont été effectués de 2017 à 2022, principalement en Aragon, ainsi qu'en Catalogne et au Pays basque. Chez les jeunes oiseaux, le microbiome est encore plus pauvre que chez les adultes : la communauté se forme progressivement, au fur et à mesure du passage à un régime de charognes. Le sexe, en revanche, n'a presque aucune influence.
La valeur pratique de l'étude est considérable. En suivant les changements dans ces communautés bactériennes, il sera possible de détecter plus tôt les problèmes de santé des oiseaux et de comprendre comment la base alimentaire, l'âge ou l'environnement les affectent. En outre, les vautours continuent d'assumer leur rôle ancestral de sanitaires de la nature, en éliminant rapidement les cadavres et en freinant ainsi la propagation de micro-organismes dangereux.
La prochaine étape consiste à comprendre quelles fonctions précises remplissent ces bactéries propres à chaque espèce et si l'on peut les utiliser comme indicateurs de l'état des populations.
