פריצות דרך מדעיות נבנות על תובנות מנתונים איכותיים, אך לעיתים הן חבויות תחת אוקיינוס של כמות גדולה מדי שלהם. בדיוק בבעיה זו החליט לטפל המכון לרפואה רגנרטיבית של קליפורניה (CIRM), לאחר שאישר תוכנית תשתית חדשה.
לאחרונה אישר CIRM השקעות ביצירת כלים שיעזרו לעשות סדר במערכי נתונים ביולוגיים עצומים ומורכבים, שהתקבלו במהלך מחקרים במימון המכון. התוכנית מכוונת לפיתוח תוכנה חדשה לשילוב נתונים ברפואה רגנרטיבית ולהפקת תובנות חדשות מהם.
״המשימה שלנו דוחפת אותנו קדימה,״ ציינה ג'ני ביירם, חוקרת בכירה ב-CIRM, במהלך ישיבת הדירקטוריון. ״אנחנו מפתחים כלים ואסטרטגיות כדי למקסם את הערך של השקעות CIRM, תוך קידום המדע ויצירת דרכים חדשות לעבודה עם נתונים.״
התוכנית החדשה מקצה 10 מיליוני דולרים עבור 15–20 מענקים של 500 אלפי דולרים כל אחד. כל פרויקט יפתור משימה ספציפית של שילוב נתונים. כלים מסוימים יקשרו בין סוגי נתונים שונים, אחרים ישפרו או יתמכו בתוכנת קוד פתוח בשימוש נרחב, המותאמת לצרכי הרפואה הרגנרטיבית. חלק מהפרויקטים יעדכנו פתרונות קיימים כדי שיתאימו לחישובים מודרניים וליכולות של בינה מלאכותית.
פרסי מדעי הנתונים והנדסת התוכנה (Data Science and Software Engineering Awards) מכוונים ליצירת כלי קוד פתוח המשלבים סוגים שונים של נתונים ביו-רפואיים. חיבור הנתונים הללו בצורה נוחה, לפי תפיסת CIRM, יאיץ את הזיהוי והתיקוף של מטרות חדשות לתרופות ושל סמנים ביולוגיים לטיפול במחלות.
מדובר ביצירת תשתית שתאפשר לחוקרים לעבוד מהר יותר עם מערכי נתונים. תשומת לב מיוחדת מוקדשת לתוכנה המסוגלת לתרגם את מגוון הנתונים הנוצרים במחקרים ובניסויים קליניים של רפואה רגנרטיבית לפורמט שניתן להחליף בקלות.
לפני מספר שנים השיק NIH יוזמה דומה — תוכנית Biomedical Data Translator לשילוב פטה-בייטים של נתונים ביו-רפואיים ממחקרים פדרליים. CIRM נשען גם על השקעותיו הקודמות בחילופי נתונים, כולל הכלי Data Explorer, שכבר מכיל יותר מ-800 מערכי נתונים של CIRM והופך אותם לנגישים יותר עבור חוקרים.
בעיית ההבנה של נתונים מורכבים ניצבת מזה זמן רב בפני מחקרים ממשלתיים. עוד ב-2014 הזהיר מנהל NIH לשעבר פרנסיס קולינס את הקונגרס כי גל הנתונים הגובר עלול להציף את החוקרים. מאז, היקף ומורכבות הנתונים רק גדלו. הפרויקטים והניסויים הקליניים של CIRM כבר הפיקו יותר מ-1200 מערכי נתונים, מה שהגביר את הצורך בכלי תוכנה לחיבורם.
חלק מהכלים כבר משלבים סוגים שונים של נתונים ביו-רפואיים, אולם מערכות קוד פתוח רבות דורשות עדכונים כדי להתאים לחישובים מודרניים ולבינה מלאכותית. תוכנה חדשה או משופרת עונה טוב יותר על צרכי החוקרים ברפואה רגנרטיבית. המטרה של שילוב סוגי נתונים שונים היא להאיץ מחקרים ולמקסם את ההשקעות הראשוניות של CIRM, הדגישה ביירם.
תוכנה פתוחה, שקופה, ניתנת לשימוש חוזר וניתנת להרחבה יכולה לספק את התשתית הדרושה להתגברות על מחסומים אלו. CIRM דורש מהמגישים לחשוב לא רק על יצירת הכלי, אלא גם על פריסתו, השימוש בו, התמיכה בו ושיפורו לאורך זמן. המכון מחפש פרויקטים בעלי השפעה רחבה — כלים הפועלים במערכות שונות, סוגי נתונים שונים והקשרים מחקריים שונים.
מדע הנתונים מתפתח במהירות, ואפילו כלים פופולריים זקוקים לעדכונים שוטפים. השקעה זו עוזרת לחוקרים לא להישאר מאחור ביחס להתקדמות בחישובים ובבינה מלאכותית, וכן ביחס לנוף המשתנה ללא הרף של נתוני מחקר חדשים. מפתחי פתרונות קוד פתוח שיקבלו תמיכה יוכלו להפוך נתונים מקוטעים לתגליות בעלות משמעות.
