Des chercheurs néerlandais ont mis au point, en laboratoire, un outil capable de lire l'ADN non plus par fragments courts, mais par segments longs et cohérents. Cette avancée ouvre la voie au diagnostic de maladies héréditaires rares qui, pendant des années, demeurent un mystère pour le corps médical et une source de souffrance pour les patients et leurs familles.
Si une maladie génétique rare touche moins d'une personne sur deux mille, on en dénombre toutefois plus de sept mille types différents, affectant globalement près de quatre cents millions d'individus à travers le monde. Environ 80 % de ces pathologies résultent de mutations génétiques, mais le diagnostic correct n'est souvent posé qu'après des années d'examens éprouvants — les patients consultant en moyenne sept ou huit médecins avant d'obtenir une réponse.
Des chercheurs du Radboudumc à Nimègue et du Maastricht UMC+ ont mené des essais sur un millier de patients, démontrant que cette nouvelle méthode de séquençage du génome complet à lecture longue augmente le taux de réussite des diagnostics de trois points par rapport aux approches standards (19,2 % contre 16,5 %). De plus, une seule analyse peut désormais remplacer jusqu'à quinze tests distincts habituellement prescrits de manière séquentielle, permettant ainsi d'économiser du temps et des ressources.
Le séquençage classique fragmente l'ADN en segments d'environ trois cents « lettres » avant de tenter de reconstituer l'ensemble, un peu comme si l'on assemblait un immense puzzle à partir de pièces minuscules sans jamais avoir vu l'image complète. La nouvelle technologie lit des segments allant jusqu'à vingt mille unités d'un coup, ce qui permet de visualiser immédiatement l'agencement des grandes pièces du puzzle et la façon dont elles s'imbriquent.
Par ailleurs, ce test ne se contente pas de décoder la séquence des gènes, il détecte également les marques chimiques — les modifications épigénétiques — qui activent ou désactivent leur fonctionnement. Auparavant, l'identification de telles modifications nécessitait des analyses complexes et séparées ; elles sont désormais visibles lors d'un seul examen, offrant deux services en un.
Lors d'un « hackathon des cas non diagnostiqués » organisé à Nimègue, les chercheurs ont réuni près de 150 spécialistes issus de tous les centres médicaux universitaires des Pays-Bas. Leur mission consistait à identifier des diagnostics pour 33 familles ayant déjà épuisé tous les examens disponibles. Grâce à l'analyse détaillée de l'ADN et à l'expertise collective, quinze nouveaux diagnostics, jusqu'alors restés indétectables, ont pu être posés.
Les scientifiques ont publié leurs résultats dans le New England Journal of Medicine et préconisent de faire du séquençage à lecture longue le choix standard de première intention en cas de suspicion de maladie génétique rare. Selon Lisenka Vissers, professeure de génomique translationnelle, cette méthode réduit des années d'attente, limite le nombre d'examens superflus et offre aux familles la possibilité de planifier l'avenir avec sérénité, en connaissant le diagnostic exact et les perspectives d'évolution.
À mesure que les bases de données s'enrichissent et que la compréhension des liens entre mutations et pathologies s'affine, la précision de ces tests ne cessera de croître. Les chercheurs estiment qu'en réinterprétant les données à la lumière de nouvelles découvertes, le taux de diagnostic supplémentaire pourrait même atteindre quinze pour cent, porteur d'espoir pour des centaines de familles.
La médecine s'engage ainsi sur la voie d'un diagnostic des maladies rares à la fois plus précis et profondément plus humain.
