先导组装:细胞如何在不产生双链断裂的情况下组装大型DNA片段

作者: Elena HealthEnergy

先导组装:细胞如何在不产生双链断裂的情况下组装大型DNA片段-1
也就是说,原理可能会改变:一个突变 → 对一个基因片段的一个修正 → 一个通用结构。

科学家已经能够编辑DNA中的单个“字母”。但要一次性替换基因中一大段区域则要困难得多——尤其是在不造成DNA双链断裂的情况下。

《自然》杂志上的一项新研究描述了一种名为“prime assembly”(先导组装)的方法,它拓展了先导编辑的能力,能够将数千个核苷酸大小的DNA片段插入基因组的指定区域。

该系统在DNA的两条链上生成短的3′单链“尾巴”。这些“尾巴”经过设计,能够与供体片段的末端相匹配。随后,细胞自身的机制会完成补齐并将分子连接起来。

在原理上,这类似于Gibson组装——一种在试管中连接DNA片段的方法。只不过在这里,类似的组装过程直接发生在活细胞内部。

在一项实验中,研究人员针对TINF2基因开展了研究,该基因的突变与严重的端粒维持障碍有关。他们替换了一段长度为106个核苷酸的区域,同时保留了蛋白质的氨基酸序列。在K562细胞中,编辑效率达到了33,1%。

作者还展示了大小可达12,1千碱基的供体序列的整合,以及对已有基因组进行大规模重排、直至兆碱基尺度的可能性。

尤其重要的是,先导组装不仅在实验室细胞系中有效,在原代人CD34+造血细胞和T淋巴细胞中同样有效,包括在非分裂细胞中。那里的效率目前还明显较低,但这种编辑本身的存在拓展了该方法的潜在应用范围。

另一种不依赖于特定突变的治疗思路也很有意思。与其为每一种突变单独开发工具,不如尝试一次性替换或重新编码整个有问题的基因区域。

也就是说,这一原则可能会发生改变:一种突变 → 针对一个基因区域的一次修复 → 一种通用构建体。

目前,先导组装仍是一项实验性技术。还需要提高它在具有治疗重要性的细胞中的效率,并解决将各组分直接递送至体内的问题。

但这一概念本身显示了基因工程中的一个重要转变:基因组编辑正逐渐从切割DNA转向在细胞内对其进行可编程的组装。

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来源

  • Targeted genomic integration and rearrangement using prime assembly

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