Perturb-DBiT: Cara Baru Mengamati Aktivitas Gen Langsung di Dalam Jaringan
Bayangkan Anda ingin memahami bagaimana sebuah kota berfungsi. Anda bisa saja membongkarnya menjadi tumpukan batu bata terpisah untuk dipelajari satu demi satu. Namun, cara lain adalah dengan mengamati jalanan, bangunan, warga, serta interaksi mereka secara serentak. Langkah inilah yang diambil oleh para peneliti melalui pengembangan metode baru bernama Perturb-DBiT.
Perturb-DBiT, yang dipublikasikan dalam jurnal Nature Biotechnology, memungkinkan modifikasi genetik dan analisis aktivitas gen dilakukan secara bersamaan pada irisan jaringan dengan tetap mempertahankan organisasi spasial alaminya.
Masalah utama pada sebagian besar skrining CRISPR adalah keharusan untuk memisahkan sel satu sama lain demi keperluan analisis. Akibatnya, aspek yang paling krusial, yaitu lingkungan sekitar sel, menjadi hilang. Padahal, dalam organisme hidup, nasib sebuah sel tidak hanya ditentukan oleh gennya sendiri, tetapi juga oleh tetangganya, sinyal di sekitarnya, serta posisi sel tersebut di dalam jaringan.
Perturb-DBiT memungkinkan gambaran spasial ini tetap terjaga. Para ilmuwan kini dapat menerapkan perubahan genetik sekaligus mengamati respons sel-sel di dalam seluruh irisan jaringan secara simultan. Pada dasarnya, metode ini menciptakan peta terperinci yang tidak hanya menunjukkan gen mana yang dimodifikasi, tetapi juga bagaimana perubahan tersebut memengaruhi sel-sel di sekelilingnya.
Metode ini terbukti sangat bermanfaat, terutama untuk mempelajari tumor. Bahkan sel-sel dalam tumor yang sama sering kali menunjukkan perilaku yang berbeda; ada yang merespons pengobatan dengan baik, sementara yang lain justru resistan. Pendekatan baru ini membantu mengungkap penyebab perbedaan tersebut langsung di dalam mikrolingkungan jaringan yang alami.
Ini merupakan langkah signifikan dalam beralih dari studi sel tunggal menuju pemahaman tentang bagaimana perubahan genetik bekerja dalam sistem biologis yang nyata. Bagaimanapun, jaringan bukanlah sekadar kumpulan sel, melainkan ekosistem kompleks di mana konteks sering kali sama pentingnya dengan gen itu sendiri.
