Sejarah CRISPR tampaknya dimulai jauh lebih awal daripada yang kita duga. Peneliti dari University of California di Berkeley dan Innovative Genomics Institute menemukan pada bakteriofag sebuah sistem molekuler kuno VIPR — Viral Interference Programmable Repeat, yang mungkin sudah ada bahkan sebelum munculnya sistem CRISPR-Cas pertama.
Dua karya terkait diterbitkan pada 17 September 2026 di jurnal Science. Analisis evolusioner menunjukkan bahwa protein VIPR berkerabat dengan komponen CRISPR paling kuno dan, kemungkinan besar, lebih dekat dengan asal-usul evolusionernya. Hal ini mendukung hipotesis tak biasa: beberapa mekanisme, yang kemudian melahirkan imunitas bakteri CRISPR, pada awalnya mungkin merupakan senjata virus itu sendiri dalam pertempuran satu sama lain.
Kode genetik dengan celah
Ciri paling tak biasa dari VIPR adalah cara mengenali DNA.
Sistem yang diarahkan RNA biasa mencocokkan RNA pemandu dengan sekuens target hampir secara berkesinambungan. VIPR bekerja berbeda: RNA-nya mengenali DNA bukan dengan sekuens yang utuh melainkan melalui interval yang teratur.
Pada dasarnya, saat mengenali target, sistem ini dapat mengabaikan setiap posisi ketiga DNA. Justru huruf ketiga kodon sering kali paling bervariasi dan dalam banyak kasus dapat bermutasi tanpa mengubah asam amino.
Hasilnya adalah semacam penyaring molekuler: VIPR memperhatikan bagian sekuens yang lebih stabil dan melewati posisi yang lebih mudah berubah. Hal ini berpotensi mempersulit virus untuk menghindari pengenalan melalui mutasi.
Ada satu keanehan lagi. VIPR berinteraksi dengan heliks ganda DNA sama sekali berbeda dari sistem CRISPR yang biasa. Penelitian struktural menunjukkan bahwa kompleks ini membentuk konstruksi tak biasa di sekitar DNA dengan melibatkan RNA dan DNA — semacam heliks rangkap tiga molekuler.
Interaksi virus jauh sebelum CRISPR
Analisis target alami VIPR menunjukkan bahwa bakteriofag yang membawa sistem ini sering mengarahkannya terhadap fag lain yang menginfeksi inang yang sama.
Artinya, pada awalnya VIPR kemungkinan merupakan bagian dari interaksi molekuler kuno.
Para penulis menduga bahwa kemudian bakteri mungkin meminjam komponen sistem semacam itu dan mengubahnya menjadi pertahanan mereka sendiri terhadap virus. Dari pertukaran senjata molekuler kuno inilah sistem CRISPR-Cas awal mungkin perlahan-lahan muncul.
Seberapa lama hal ini terjadi, tidak dapat ditentukan secara langsung. Para peneliti mengaitkan asal-usul mekanisme ini dengan tahap-tahap sangat awal evolusi kehidupan seluler — mungkin bahkan sebelum leluhur universal terakhir organisme modern. Karena itu, yang dibicarakan memang bisa jadi peristiwa yang terjadi miliaran tahun lalu, tetapi usia pasti VIPR masih tetap merupakan hipotesis.
Alat baru untuk rekayasa genetika?
VIPR menarik bukan hanya sebagai temuan evolusioner.
Komponen proteinnya sangat ringkas, dan untuk mengenali target sistem ini tidak memerlukan sekuens PAM di sekitarnya — batasan yang khas, misalnya, pada Cas9. Hal ini berpotensi memperluas jumlah bagian DNA yang dapat menjadi sasaran sistem ini.
Para ilmuwan telah menunjukkan bahwa VIPR dapat diprogram ulang agar dapat berikatan dengan bagian DNA yang dipilih dan menekan kerja gen.
VIPR untuk saat ini belum menjadi analog CRISPR baru yang siap pakai untuk menyunting genom manusia. Dalam eksperimen yang telah dipublikasikan, sistem ini terutama mengenali DNA dan mengatur aktivitas gen; kemampuannya untuk penyuntingan yang utuh, intervensi epigenetik, atau terapi masih perlu diuji.
Namun demikian, penemuan ini mengubah pandangan tentang asal-usul salah satu alat terpenting dalam biologi modern.
CRISPR ternyata bukanlah awal dari kisah ini, melainkan salah satu babaknya yang belakangan. Di baliknya ditemukan arsitektur molekuler yang lebih kuno — yang diciptakan bukan oleh manusia dan mungkin bahkan bukan oleh bakteri, melainkan oleh virus yang miliaran tahun lalu telah belajar mengenali sekuens genetik para pesaingnya.
Dengan menelusuri lebih dalam ke dalam evolusi, kita menemukan bukan draf awal alam yang primitif, melainkan teknologi yang prinsip kerjanya baru mulai kita pahami.
