Tsukuba, Japonya'dan bir ekip, 3D gen ifade modellerini görselleştirmek ve analiz etmek için tasarlanmış bir yazılım paketi olan "tomoseqr"i geliştirdi*.
Bu yenilik, gelişim biyolojisi, hastalık araştırması ve rejeneratif tıp için çok önemli olan gen ifadesinin uzaysal dağılımını anlama zorluklarını ele alıyor. RNA tomografisi olarak bilinen yöntem, dokular içindeki gen ifadesinin ayrıntılı 3D haritalarını oluşturur.
RNA tomografisi, üç ortogonal eksen boyunca hizalanmış dondurulmuş doku kesitlerinin hazırlanmasını ve ardından RNA dizilemesini içerir. Elde edilen veriler daha sonra gen aktivitesini gösteren bir 3D modeli yeniden oluşturmak için üst üste bindirilir. Tomoseqr, kullanıcı dostu bir arayüzle bu süreci basitleştirerek doku morfolojisi veri oluşturulmasına ve 3D gen ifade modeli görselleştirmesine yardımcı olur.
Yazılımın etkinliği, bilinen gen ifade modellerini yeniden ürettiği zebra balığı kullanılarak gösterildi. Araştırmacılar ayrıca, rejeneratif yetenekleriyle bilinen organizmalar olan planaryalarda yaklaşık 18.000 geni analiz ederek, yara iyileşmesi ve rejenerasyonla potansiyel olarak bağlantılı uzaysal dalgalanmalara sahip genleri belirledi.
Tomoseqr, işbirliğini ve kaynak paylaşımını geliştiren Bioconductor tarafından benimsenmiştir. Araştırmacılar, tomoseqr'in genetik hastalıkların anlaşılmasını ve hedeflenmiş tedavilerin geliştirilmesini ilerletebileceğine inanıyor. Erişilebilirliği, disiplinler arası araştırmaları teşvik ederek potansiyel olarak daha hızlı bilimsel atılımlara yol açıyor.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)