Harvard Üniversitesi, McCarthy dönemiyle paralellikler kurarak yenilenen bir siyasi incelemeyle karşı karşıya. 1950'lerde, anti-komünist duygu, Harvard gibi kurumlara karşı yıkıcı faaliyetlerde bulundukları iddiasıyla suçlamalara yol açtı. Bugün, Donald Trump gibi figürler, akademik kurumları etkileme yönündeki tarihi girişimleri yankılayarak üniversiteyi eleştiriyor.
McCarthy döneminde, gruplar Harvard'ı komünist sempatizanları barındırmakla suçladı ve üniversiteyi ideolojik olarak uymaya zorladı. Benzer şekilde, Harvard şimdi liberal önyargı ve hükümet müdahalesi suçlamalarıyla karşı karşıya. 1953'te Komünistlerin aranması Harvard'a kadar uzandı. Üniversite, uzun bir akademik özgürlük geleneğine dayanarak, yıkıcı günah keçileri bulma konusundaki genel çılgınlığa ve Senatör McCarthy'nin özel suiistimallerine karşı sağlam durdu.
Mevcut baskılar karşısında, Harvard Başkanı Alan Garber, hükümetin müdahalesini reddetti ve üniversitenin akademik bağımsızlığa olan bağlılığını vurguladı. Trump yönetimi ayrıca, başkanın tehdidi ilk kez dile getirmesinden sadece bir gün sonra, İç Gelir Servisi'nden (IRS) ünlü eğitim kurumunun vergiden muaf statüsünü resmen iptal etmesini istedi. Trump, kabul, işe alım ve siyasi eğilim konusunda hükümetin denetimine tabi olma talebini reddettiği için 162 Nobel ödülü sahibi yetiştirmiş olan köklü üniversiteye öfkeli. Bu duruş, 1950'lerde akademik özgürlüğü savunan Nathan Pusey'in direnişini yansıtıyor.