研究者らは、シングルセルRNAシーケンス（scRNA-seq）データの包括的な解析のために設計された新しい計算ツールであるscMINERを開発しました。このツールは、ユーザーフレンドリーなインターフェースを通じて、データの前処理、クラスタリング、ネットワーク推論、および視覚化を容易にします。ScMINERは、研究者が個々の細胞内の主要な遺伝子およびシグナル伝達経路を特定するのを支援し、細胞メカニズムに関する洞察を提供することを目的としています。
ScMINERは、相互情報量を使用して細胞間の距離を測定し、正確なクラスタリングと遺伝子ネットワークのリバースエンジニアリングを可能にします。他の方法とは異なり、scMINERは結合モチーフに依存しないため、scRNA-seq実験から6,000を超える転写およびシグナル伝達ドライバーの活性評価が可能になります。このツールには、scRNA-seqデータを探索および共有するためのWebベースのポータルも含まれています。
ベンチマークテストでは、scMINERは、さまざまな種類のT細胞を区別し、転写因子制御ネットワークとシグナル伝達ネットワークを正確に再構築する上で、既存のアルゴリズムよりも優れていることが示されています。これにより、scMINERは、複雑な細胞プロセスを解剖し、シングルセルオミクスデータで隠れたドライバーを特定しようとする研究者にとって貴重な資産となります。ソフトウェアは一般公開されています。