日本の筑波の研究チームは、3D遺伝子発現パターンを視覚化および分析するために設計されたソフトウェアスイート「tomoseqr」を開発しました。このイノベーションは、発生生物学、疾患研究、再生医療に不可欠な遺伝子発現の空間的分布を理解するという課題に対処します。RNAトモグラフィーとして知られるこの方法は、組織内の遺伝子発現の詳細な3Dマップを作成します。 RNAトモグラフィーでは、3つの直交軸に沿って整列された凍結組織切片の調製と、それに続くRNAシーケンスが含まれます。得られたデータは、遺伝子活性を示す3Dモデルを再構築するために重ね合わされます。Tomoseqrは、ユーザーフレンドリーなインターフェースでこのプロセスを簡素化し、組織形態データの作成と3D遺伝子発現モデルの視覚化を支援します。 このソフトウェアの有効性は、既知の遺伝子発現パターンを再現したゼブラフィッシュを使用して実証されました。研究者らはまた、再生能力で知られる生物であるプラナリアで約18,000個の遺伝子を分析し、創傷治癒と再生に潜在的に関連する空間的変動を持つ遺伝子を特定しました。 TomoseqrはBioconductorによって採用されており、コラボレーションとリソース共有が強化されています。研究者らは、tomoseqrが遺伝性疾患の理解と標的治療の開発を促進できると考えています。そのアクセシビリティは学際的な研究を促進し、潜在的により迅速な科学的ブレークスルーにつながります。
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)