Genom tanaman menyimpan lebih dari sekadar catatan infeksi purba; ia merupakan arsip molekuler evolusi yang sesungguhnya. Tim peneliti internasional yang dipimpin oleh para ilmuwan dari INRAE dan CIRAD menemukan lebih dari 47.000 fragmen virus endogen dari famili Caulimoviridae dalam DNA 93 spesies tanaman. "Fosil tingkat molekuler" ini membuka jendela sejarah yang belum pernah ada sebelumnya, menjangkau ratusan juta tahun dan mengungkap evolusi virus saat tanaman vaskular pertama mulai terbentuk dan hutan purba mulai muncul di Bumi.
Virus dari famili Caulimoviridae—satu-satunya virus tanaman ber-DNA untai ganda yang diketahui—memiliki kemampuan langka untuk menyisipkan urutan genetik mereka ke dalam kromosom inang melalui mekanisme rekombinasi non-lokal selama perbaikan DNA. Elemen virus endogen (EVE) atau "fosil virus" ini diwariskan dari generasi ke generasi dan tetap lestari selama jutaan tahun, mengubah genom tanaman menjadi semacam buku harian yang mencatat sejarah interaksi dengan virus. Para peneliti menganalisis 93 spesies tanaman—mulai dari lumut dan lumut gada hingga pakis, konifer, dan tanaman berbunga—serta berhasil mengidentifikasi 35 garis keturunan evolusi virus yang sebelumnya tidak diketahui, termasuk klaster baru yang hanya ditemukan pada jenis pohon konifer tertentu.
Perbandingan antara garis keturunan evolusi virus dan tanaman inangnya mengungkap gambaran koeksistensi yang kompleks. Banyak garis keturunan virus memang telah ada bersama tanaman vaskular selama ratusan juta tahun, namun sejarahnya jauh dari kata sederhana. Virus-virus tersebut berpindah dari satu spesies inang ke spesies lainnya, sementara seluruh garis keturunan virus menghilang dan kemudian muncul kembali. Beberapa kepunahan garis keturunan virus ini bertepatan dengan bencana global berskala planet—seperti kepunahan Permian (252 juta tahun lalu) saat lebih dari 90% spesies laut musnah, dan kepunahan Kapur-Paleogen (66 juta tahun lalu) yang memusnahkan dinosaurus. Selama periode tersebut, kondisi lingkungan berubah drastis, sehingga merombak ekosistem dan menciptakan ceruk ekologi yang baru.
Temuan ini menegaskan betapa mendalamnya virus terjalin dalam jalinan kehidupan dan evolusi di Bumi. Genom tanaman bukan sekadar penyimpan informasi keturunan, melainkan arsip autentik yang mencatat interaksi selama ratusan juta tahun dengan mitra-mitra tak kasatmata ini. Sama seperti lingkaran tahun pada pohon yang merekam kekeringan dan kebakaran di masa lampau, urutan virus dalam DNA menyimpan memori tentang saat-saat ketika ekosistem mengalami guncangan global dan melakukan penyesuaian sebagai responsnya.
Penemuan ini memaksa kita untuk meninjau kembali peran virus dalam evolusi: mereka tidak hanya menyebabkan penyakit, tetapi tampaknya juga berperan dalam membentuk kemampuan tanaman untuk beradaptasi terhadap perubahan kondisi yang kritis. Bahkan infeksi yang merugikan di masa lampau telah meninggalkan jejak pada gen tanaman, yang kini membantu kita memahami bagaimana organisme hidup menghadapi dan pulih dari krisis global.
Penelitian yang diterbitkan pada Juni 2026 dalam jurnal PLoS Pathogens ini membuka jalur baru dalam paleovirologi—yakni pemanfaatan genom tanaman sebagai arsip alami evolusi virus. Para ilmuwan kini dapat melacak bagaimana virus purba beradaptasi terhadap kepunahan massal, perubahan iklim, dan kemunculan komunitas tanaman baru. Pengetahuan ini sangat krusial untuk memahami interaksi modern antara tanaman dan patogen virus, serta dapat membantu memprediksi bagaimana tanaman akan merespons tantangan ekologi di masa depan.
Genom tanaman adalah catatan hidup dari jutaan tahun koeksistensi dengan virus. Semakin cermat kita mempelajarinya, semakin baik pemahaman kita tentang cara melindungi dunia hijau dari ancaman masa kini dan masa depan.
