scMINER: उन्नत सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा विश्लेषण और छिपे हुए ड्राइवर की पहचान के लिए एक नया उपकरण

शोधकर्ताओं ने scMINER विकसित किया है, जो सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग (scRNA-seq) डेटा के व्यापक विश्लेषण के लिए डिज़ाइन किया गया एक नया कम्प्यूटेशनल उपकरण है। यह उपकरण उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफेस के माध्यम से डेटा प्रीप्रोसेसिंग, क्लस्टरिंग, नेटवर्क अनुमान और विज़ुअलाइज़ेशन को सुगम बनाता है। ScMINER का उद्देश्य शोधकर्ताओं को व्यक्तिगत कोशिकाओं के भीतर प्रमुख जीन और सिग्नलिंग पाथवे की पहचान करने में मदद करना है, जिससे सेलुलर तंत्र में अंतर्दृष्टि मिलती है।

ScMINER कोशिकाओं के बीच की दूरी को मापने के लिए आपसी जानकारी का उपयोग करता है, जिससे सटीक क्लस्टरिंग और जीन नेटवर्क की रिवर्स-इंजीनियरिंग सक्षम होती है। अन्य विधियों के विपरीत, ScMINER बाइंडिंग मोटिफ्स पर निर्भर नहीं करता है, जिससे scRNA-seq प्रयोगों से 6,000 से अधिक ट्रांसक्रिप्शन और सिग्नलिंग ड्राइवरों की गतिविधि का आकलन किया जा सकता है। उपकरण में scRNA-seq डेटा की खोज और साझा करने के लिए एक वेब-आधारित पोर्टल भी शामिल है।

बेंचमार्किंग ने प्रदर्शित किया है कि scMINER विभिन्न प्रकार की टी कोशिकाओं के बीच अंतर करने और ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर नियामक नेटवर्क और सिग्नलिंग नेटवर्क को सटीक रूप से पुनर्निर्माण करने में मौजूदा एल्गोरिदम से बेहतर प्रदर्शन करता है। यह scMINER को जटिल सेलुलर प्रक्रियाओं को विच्छेदित करने और सिंगल-सेल ओमिक्स डेटा में छिपे हुए ड्राइवरों की पहचान करने के उद्देश्य से शोधकर्ताओं के लिए एक मूल्यवान संपत्ति बनाता है। सॉफ्टवेयर सार्वजनिक रूप से सुलभ है।