हार्वर्ड विश्वविद्यालय को नए राजनीतिक छानबीन का सामना करना पड़ रहा है, जो मैकार्थी युग के समान है। 1950 के दशक के दौरान, साम्यवाद-विरोधी भावना के कारण हार्वर्ड जैसे संस्थानों पर विध्वंसक गतिविधियों का आरोप लगाया गया था। आज, डोनाल्ड ट्रम्प जैसे लोग विश्वविद्यालय की आलोचना कर रहे हैं, जो अकादमिक संस्थानों को प्रभावित करने के ऐतिहासिक प्रयासों को दोहरा रहे हैं।
मैकार्थी युग के दौरान, समूहों ने हार्वर्ड पर कम्युनिस्ट सहानुभूति रखने वालों को शरण देने का आरोप लगाया, जिससे विश्वविद्यालय पर वैचारिक रूप से अनुरूप होने का दबाव पड़ा। इसी तरह, हार्वर्ड अब उदारवादी पूर्वाग्रह और सरकारी हस्तक्षेप के आरोपों का सामना कर रहा है। 1953 में, कम्युनिस्टों की खोज हार्वर्ड तक फैल गई। विश्वविद्यालय ने अकादमिक स्वतंत्रता की एक लंबी परंपरा पर काम करते हुए, विध्वंसक बलि के बकरों को खोजने के सामान्य उन्माद और सीनेटर मैकार्थी के विशेष दुर्व्यवहारों का दृढ़ता से विरोध किया।
वर्तमान दबावों का सामना करते हुए, हार्वर्ड के अध्यक्ष एलन गार्बर ने सरकारी हस्तक्षेप को खारिज कर दिया है, विश्वविद्यालय की अकादमिक स्वतंत्रता के प्रति प्रतिबद्धता पर जोर दिया है। ट्रम्प प्रशासन ने राष्ट्रपति द्वारा पहली बार धमकी दिए जाने के ठीक एक दिन बाद, औपचारिक रूप से आंतरिक राजस्व सेवा (आईआरएस) से सीखने की प्रसिद्ध सीट की कर-मुक्त स्थिति को रद्द करने के लिए भी कहा है। ट्रम्प उस प्रतिष्ठित विश्वविद्यालय से नाराज हैं - जिसने 162 नोबेल पुरस्कार विजेता बनाए हैं - क्योंकि उसने प्रवेश, भर्ती और राजनीतिक झुकाव पर सरकारी पर्यवेक्षण के लिए अपनी मांग को अस्वीकार कर दिया था। यह रुख 1950 के दशक में नाथन पुसे के प्रतिरोध को दर्शाता है, जिन्होंने अकादमिक स्वतंत्रता का बचाव किया था।