8 травня 2025 року ізраїльська влада закрила шість шкіл, якими керує БАПОР у Східному Єрусалимі, реалізувавши закон, який забороняє агентству ООН працювати в столиці. Ця дія викликала міжнародний осуд і викликала занепокоєння щодо освіти палестинських дітей.
Закриття, які відбулися після повідомлень, виданих у квітні, ґрунтуються на твердженнях, що БАПОР діє незаконно та без належних ліцензій. Міністерство освіти Ізраїлю заявило, що розмістить постраждалих учнів в інших єрусалимських школах. Однак критики стверджують, що альтернативи є неадекватними, і що закриття порушують міжнародне право.
БАПОР надає послуги палестинським біженцям у Східному Єрусалимі з 1950-х років, включаючи освіту та охорону здоров'я. Агентство стверджує, що воно прагне продовжувати свої послуги, незважаючи на заборону. Нещодавні закриття призвели до травматичного досвіду для студентів, з повідомленнями про те, що ізраїльські сили входять до шкіл і затримують персонал.