Дослідники розробили scMINER, новий обчислювальний інструмент, призначений для комплексного аналізу даних секвенування РНК окремих клітин (scRNA-seq). Цей інструмент полегшує попередню обробку даних, кластеризацію, виведення мереж та візуалізацію за допомогою зручного інтерфейсу. ScMINER має на меті допомогти дослідникам ідентифікувати ключові гени та сигнальні шляхи в окремих клітинах, пропонуючи розуміння клітинних механізмів.
ScMINER використовує взаємну інформацію для вимірювання відстані між клітинами, що дозволяє точно кластеризувати та реконструювати генні мережі. На відміну від інших методів, scMINER не покладається на мотиви зв'язування, що дозволяє оцінювати активність понад 6000 факторів транскрипції та сигнальних драйверів з експериментів scRNA-seq. Інструмент також включає веб-портал для вивчення та обміну даними scRNA-seq.
Бенчмаркінг продемонстрував, що scMINER перевершує існуючі алгоритми у розрізненні різних типів Т-клітин та точному відновленні регуляторних мереж факторів транскрипції та сигнальних мереж. Це робить scMINER цінним активом для дослідників, які прагнуть розібрати складні клітинні процеси та ідентифікувати приховані драйвери в даних одноклітинної оміки. Програмне забезпечення є загальнодоступним.