Команда з Цукуби, Японія, розробила "tomoseqr", пакет програмного забезпечення, призначений для візуалізації та аналізу 3D-патернів експресії генів. Ця інновація розв'язує проблеми розуміння просторового розподілу експресії генів, що має вирішальне значення для біології розвитку, досліджень захворювань та регенеративної медицини.
Метод, відомий як РНК-томографія, створює детальні 3D-карти експресії генів у тканинах. РНК-томографія включає підготовку заморожених зрізів тканин, вирівняних по трьох ортогональних осях, з подальшим секвенуванням РНК. Отримані дані потім накладаються один на одного для відновлення 3D-моделі, що показує активність генів. Tomoseqr спрощує цей процес за допомогою зручного інтерфейсу, допомагаючи у створенні даних про морфологію тканин та візуалізації 3D-моделей експресії генів.
Ефективність програмного забезпечення була продемонстрована на прикладі рибок даніо, де воно відтворило відомі патерни експресії генів. Дослідники також проаналізували близько 18 000 генів у планарій, організмів, відомих своїми регенеративними здібностями, виявивши гени з просторовими коливаннями, потенційно пов'язаними із загоєнням ран та регенерацією.
Tomoseqr було прийнято Bioconductor, що покращує співпрацю та обмін ресурсами. Дослідники вважають, що tomoseqr може сприяти глибшому розумінню генетичних захворювань та розробці цільових методів лікування. Його доступність сприяє міждисциплінарним дослідженням, що потенційно може призвести до швидших наукових проривів.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)