Исследователи разработали scMINER, новый вычислительный инструмент, предназначенный для комплексного анализа данных секвенирования РНК отдельных клеток (scRNA-seq). Этот инструмент облегчает предварительную обработку данных, кластеризацию, вывод сети и визуализацию с помощью удобного интерфейса. ScMINER призван помочь исследователям выявлять ключевые гены и сигнальные пути в отдельных клетках, предлагая понимание клеточных механизмов.
ScMINER использует взаимную информацию для измерения расстояния между клетками, что позволяет точно кластеризовать и реконструировать генные сети. В отличие от других методов, scMINER не полагается на связывающие мотивы, что позволяет оценивать активность более 6000 транскрипционных и сигнальных драйверов из экспериментов scRNA-seq. Инструмент также включает веб-портал для изучения и обмена данными scRNA-seq.
Тестирование показало, что scMINER превосходит существующие алгоритмы в различении различных типов Т-клеток и точно реконструирует регуляторные сети факторов транскрипции и сигнальные сети. Это делает scMINER ценным активом для исследователей, стремящихся к анализу сложных клеточных процессов и выявлению скрытых драйверов в данных одноклеточной омики. Программное обеспечение находится в открытом доступе.