Новая методика с открытым исходным кодом помогает специалистам по охране природы оценивать представленность генетического разнообразия в семенных банках, что способствует защите видов растений, находящихся под угрозой исчезновения. Это критически важно для сохранения экосистем и обеспечения устойчивости нашей продовольственной системы.
В условиях ускоряющихся изменений климата и утраты мест обитания многие виды растений находятся под угрозой исчезновения. Семенные банки и ботанические сады играют жизненно важную роль в сохранении генетического разнообразия растений. Однако менее 20% диких видов растений адекватно представлены в этих мероприятиях по сохранению вне мест обитания.
Марва Эль Грауи, докторант Университета Мохаммеда VI Политехнического (UM6P) в Марокко, разработала методику для решения этой проблемы. Ее метод использует общедоступные данные, геопространственное моделирование и удобное программное обеспечение для оценки представленности генетического разнообразия в семенных банках. Это позволяет исследователям расставлять приоритеты для видов, нуждающихся в срочной охране.
Работа Эль Грауи сосредоточена на роде Vigna, но этот подход может быть применен к любой группе растений. Методика использует географические и экологические расстояния между образцами в качестве показателей генетической дифференциации, особенно когда прямые геномные данные недоступны. Этот подход основан на теории изоляции расстоянием, согласно которой популяции, находящиеся на большем расстоянии друг от друга, имеют тенденцию к генетическому расхождению.
Для точного определения ареала вида Эль Грауи и ее соавтор разработали метод «скорректированного ареала». Этот метод сочетает в себе буферы включения для захвата задокументированных зон распространения и буферы исключения для удаления маловероятных областей, предсказанных моделями распространения видов (SDM). Команда также устранила неточности данных в записях коллекций вне мест обитания, что существенно повлияло на оценки сохранения.
Весь рабочий процесс упакован в библиотеку R с открытым исходным кодом, что делает его доступным для исследователей во всем мире. Пользователи могут вводить координаты местонахождения и климатические переменные для получения оценки сохранения для каждого вида. Этот подход с открытым исходным кодом соответствует видению UM6P по использованию цифровых инструментов и африканских данных для решения глобальных проблем.
Эта инновационная методика предоставляет практический инструмент для улучшения представленности генетического разнообразия в семенных банках. Она предлагает масштабируемое и доступное решение насущной проблемы сохранения растений, принося пользу как экосистемам, так и человеческому обществу. Улучшая представленность генетического разнообразия, мы можем лучше защитить виды растений и обеспечить устойчивость нашей продовольственной системы для будущих поколений. Вклад марокканских ученых в эту область заслуживает особого внимания, учитывая важность сохранения биологического разнообразия в условиях меняющегося климата.