Команда из Цукубы, Япония, разработала "tomoseqr" - программный комплекс, предназначенный для визуализации и анализа 3D-паттернов экспрессии генов*.
Эта инновация решает задачи понимания пространственного распределения экспрессии генов, что имеет решающее значение для биологии развития, исследований заболеваний и регенеративной медицины. Метод, известный как РНК-томография, создает подробные 3D-карты экспрессии генов в тканях.
РНК-томография включает в себя подготовку замороженных срезов тканей, выровненных по трем ортогональным осям, с последующим секвенированием РНК. Полученные данные затем накладываются друг на друга для восстановления 3D-модели, показывающей активность генов. Tomoseqr упрощает этот процесс с помощью удобного интерфейса, помогая в создании данных о морфологии тканей и визуализации 3D-моделей экспрессии генов.
Эффективность программного обеспечения была продемонстрирована на примере рыбок данио, где оно воспроизводило известные паттерны экспрессии генов. Исследователи также проанализировали около 18 000 генов у планарий, организмов, известных своими регенеративными способностями, выявив гены с пространственными колебаниями, потенциально связанными с заживлением ран и регенерацией.
Tomoseqr был принят Bioconductor, что улучшает сотрудничество и обмен ресурсами. Исследователи считают, что tomoseqr может продвинуть понимание генетических заболеваний и разработку целевых методов лечения. Его доступность способствует междисциплинарным исследованиям, что потенциально может привести к более быстрым научным прорывам.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)