Pesquisadores desenvolveram o scMINER, uma nova ferramenta computacional projetada para análise abrangente de dados de sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq). Esta ferramenta facilita o pré-processamento de dados, agrupamento (clustering), inferência de rede e visualização por meio de uma interface amigável. O scMINER visa ajudar os pesquisadores a identificar genes-chave e vias de sinalização dentro de células individuais, oferecendo insights sobre mecanismos celulares.
O scMINER usa informações mútuas para medir a distância entre as células, permitindo agrupamento preciso e engenharia reversa de redes de genes. Ao contrário de outros métodos, o scMINER não depende de motivos de ligação, permitindo a avaliação da atividade de mais de 6.000 transcritores e drivers de sinalização a partir de experimentos de scRNA-seq. A ferramenta também inclui um portal baseado na web para explorar e compartilhar dados de scRNA-seq.
Testes de benchmark demonstraram que o scMINER supera os algoritmos existentes na distinção entre diferentes tipos de células T e na reconstrução precisa de redes regulatórias de fatores de transcrição e redes de sinalização. Isso torna o scMINER um recurso valioso para pesquisadores que buscam dissecar processos celulares complexos e identificar drivers ocultos em dados ômicos de célula única. O software é acessível publicamente.