Uma equipe de Tsukuba, no Japão, desenvolveu o "tomoseqr", um pacote de software projetado para visualizar e analisar padrões de expressão gênica 3D*. Esta inovação aborda os desafios de compreender a distribuição espacial da expressão gênica, crucial para a biologia do desenvolvimento, pesquisa de doenças e medicina regenerativa.
O método, conhecido como tomografia de RNA, cria mapas 3D detalhados da expressão gênica dentro dos tecidos. A tomografia de RNA envolve a preparação de seções de tecido congelado alinhadas ao longo de três eixos ortogonais, seguida pelo sequenciamento de RNA. Os dados resultantes são então sobrepostos para reconstruir um modelo 3D que mostra a atividade gênica. O Tomoseqr simplifica este processo com uma interface amigável, auxiliando na criação de dados de morfologia tecidual e na visualização de modelos de expressão gênica 3D.
A eficácia do software foi demonstrada usando peixes-zebra, onde reproduziu padrões de expressão gênica conhecidos. Os pesquisadores também analisaram aproximadamente 18.000 genes em planárias, organismos conhecidos por suas capacidades regenerativas, identificando genes com flutuações espaciais potencialmente ligadas à cicatrização de feridas e regeneração.
O Tomoseqr foi adotado pelo Bioconductor, aprimorando a colaboração e o compartilhamento de recursos. Os pesquisadores acreditam que o Tomoseqr pode avançar na compreensão de doenças genéticas e no desenvolvimento de tratamentos direcionados. Sua acessibilidade promove a pesquisa interdisciplinar, potencialmente levando a avanços científicos mais rápidos.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)