Nowe narzędzie upraszcza wnioskowanie o drzewie gatunkowym z danych genomowych

Naukowcy z University of California San Diego opracowali nowe narzędzie o nazwie ROADIES. Upraszcza ono proces wnioskowania o drzewach gatunkowych z surowych danych genomowych. Zmniejsza zależność od wiedzy specjalistycznej i zasobów obliczeniowych. ROADIES automatyzuje proces wnioskowania o drzewach gatunkowych, czyniąc go bardziej dostępnym dla naukowców. Narzędzie wykorzystuje losowe próbkowanie loci z genomów wejściowych, eliminując potrzebę adnotacji genomu. Takie podejście zmniejsza również zapotrzebowanie na moc obliczeniową. Badacze wykazali, że ROADIES generuje wyniki porównywalne z najnowocześniejszymi badaniami. Robi to w ułamku czasu i wysiłku. ROADIES może być używany dla każdego gatunku i jest skalowalny do zbiorów danych zawierających setki genomów. Naukowcy pracują nad dalszym ulepszaniem możliwości ROADIES. Obejmuje to umieszczanie nowych taksonów na istniejących drzewach gatunkowych. Badają również wykorzystanie GPU do przetwarzania większych zbiorów danych.