Naukowcy opracowali scMINER, nowe narzędzie obliczeniowe przeznaczone do kompleksowej analizy danych sekwencjonowania RNA pojedynczych komórek (scRNA-seq). Narzędzie to ułatwia wstępne przetwarzanie danych, grupowanie, wnioskowanie o sieciach i wizualizację za pomocą przyjaznego dla użytkownika interfejsu. ScMINER ma na celu pomóc naukowcom w identyfikacji kluczowych genów i szlaków sygnałowych w poszczególnych komórkach, oferując wgląd w mechanizmy komórkowe.
ScMINER wykorzystuje informację wzajemną do pomiaru odległości między komórkami, umożliwiając dokładne grupowanie i inżynierię wsteczną sieci genowych. W przeciwieństwie do innych metod, scMINER nie opiera się na motywach wiążących, co pozwala na ocenę aktywności ponad 6000 czynników transkrypcyjnych i sygnałowych z eksperymentów scRNA-seq. Narzędzie zawiera również portal internetowy do eksploracji i udostępniania danych scRNA-seq.
Testy porównawcze wykazały, że scMINER przewyższa istniejące algorytmy w rozróżnianiu różnych typów komórek T oraz dokładnym rekonstruowaniu sieci regulacyjnych czynników transkrypcyjnych i sieci sygnałowych. To sprawia, że scMINER jest cennym narzędziem dla naukowców, których celem jest analizowanie złożonych procesów komórkowych i identyfikowanie ukrytych czynników sprawczych w danych omiki pojedynczych komórek. Oprogramowanie jest publicznie dostępne.