Zespół z Tsukuby w Japonii opracował "tomoseqr", pakiet oprogramowania zaprojektowany do wizualizacji i analizy wzorców ekspresji genów 3D*. Ta innowacja odpowiada na wyzwania związane z zrozumieniem przestrzennego rozmieszczenia ekspresji genów, co jest kluczowe dla biologii rozwoju, badań nad chorobami i medycyny regeneracyjnej.
Metoda, znana jako tomografia RNA, tworzy szczegółowe mapy 3D ekspresji genów w tkankach. Tomografia RNA obejmuje przygotowanie zamrożonych skrawków tkanki ułożonych wzdłuż trzech ortogonalnych osi, a następnie sekwencjonowanie RNA. Uzyskane dane są następnie nakładane na siebie w celu rekonstrukcji modelu 3D pokazującego aktywność genów. Tomoseqr upraszcza ten proces dzięki przyjaznemu dla użytkownika interfejsowi, pomagając w tworzeniu danych morfologii tkanki i wizualizacji modeli ekspresji genów 3D.
Skuteczność oprogramowania została zademonstrowana przy użyciu danio pręgowanego, gdzie odtworzyło znane wzorce ekspresji genów. Naukowcy przeanalizowali również około 18 000 genów u wypławków, organizmów znanych ze swoich zdolności regeneracyjnych, identyfikując geny z przestrzennymi fluktuacjami potencjalnie związanymi z gojeniem się ran i regeneracją.
Tomoseqr został przyjęty przez Bioconductor, co zwiększa współpracę i wymianę zasobów. Naukowcy uważają, że tomoseqr może przyczynić się do lepszego zrozumienia chorób genetycznych i rozwoju ukierunkowanych terapii. Jego dostępność promuje interdyscyplinarne badania, potencjalnie prowadząc do szybszych przełomów naukowych.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)