Nieuwe tool vereenvoudigt het afleiden van soortenbomen uit genoomgegevens

Onderzoekers van de University of California San Diego hebben een nieuwe tool ontwikkeld, genaamd ROADIES. Deze tool vereenvoudigt het proces van het afleiden van soortenbomen uit ruwe genoomgegevens. Het vermindert de afhankelijkheid van domeinexpertise en computerbronnen. ROADIES automatiseert het proces van het afleiden van soortenbomen, waardoor het toegankelijker wordt voor wetenschappers. De tool gebruikt een willekeurige steekproef van loci uit inputgenomen, waardoor genoomannotatie niet meer nodig is. Deze aanpak vermindert ook de benodigde rekenkracht. De onderzoekers hebben aangetoond dat ROADIES resultaten oplevert die vergelijkbaar zijn met state-of-the-art studies. Het doet dit in een fractie van de tijd en moeite. ROADIES kan worden gebruikt voor elke soort en is schaalbaar naar datasets met honderden genomen. De onderzoekers werken aan het verder verbeteren van de mogelijkheden van ROADIES. Dit omvat het plaatsen van nieuwe taxa op bestaande soortenbomen. Ze onderzoeken ook het gebruik van GPU's voor het verwerken van grotere datasets.