In juni 2025 verslechterden de diplomatieke betrekkingen tussen Rusland en Azerbeidzjan scherp na controversiële arrestaties in Jekaterinenburg. Russische speciale diensten arresteerden ongeveer 50 personen van Azerbeidzjaanse afkomst, waarbij ze verdacht werden van betrokkenheid bij moorden en aanvallen van 2001 tot 2011. Twee mannen kwamen om het leven tijdens de arrestaties, wat leidde tot verontwaardiging in Bakoe.
Als reactie annuleerde Azerbeidzjan alle geplande culturele evenementen met Rusland en voerde het een controle uit op het kantoor van het Russische mediabureau Sputnik in Bakoe. Het Kremlin reageerde terughoudend, waarbij de woordvoerder van de president, Dmitry Peskov, spijt betuigde over de beslissing van Bakoe en benadrukte dat de situatie in Jekaterinenburg niet had mogen leiden tot een dergelijke reactie. Het Russische ministerie van Buitenlandse Zaken merkte op dat hoewel de slachtoffers en gedetineerden etnische Azerbeidzjanen waren, ze Russische paspoorten bezaten.
Deze diplomatieke crisis is een nieuwe test voor de betrekkingen tussen de twee landen sinds de vliegtuigcrash van Azerbeidzjan aan het einde van 2024. Azerbeidzjan is ook bezig zijn internationale positie te versterken, onder andere door een aanvraag voor lidmaatschap van BRICS in te dienen. Azerbeidzjan probeert een balans te vinden tussen samenwerking met het Westen en het behouden van strategische banden met Moskou.