Onderzoekers hebben scMINER ontwikkeld, een nieuwe computationele tool ontworpen voor uitgebreide analyse van single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) data. Deze tool faciliteert data preprocessing, clustering, netwerkinferentie en visualisatie via een gebruiksvriendelijke interface. ScMINER is bedoeld om onderzoekers te helpen bij het identificeren van belangrijke genen en signaalroutes binnen individuele cellen, en biedt inzicht in cellulaire mechanismen.
ScMINER gebruikt wederzijdse informatie om de afstand tussen cellen te meten, waardoor nauwkeurige clustering en reverse-engineering van gennetwerken mogelijk wordt. In tegenstelling tot andere methoden, is scMINER niet afhankelijk van bindingsmotieven, waardoor de activiteit van meer dan 6.000 transcriptie- en signaaldrijfveren uit scRNA-seq-experimenten kan worden beoordeeld. De tool bevat ook een webgebaseerd portaal voor het verkennen en delen van scRNA-seq-data.
Benchmarking heeft aangetoond dat scMINER beter presteert dan bestaande algoritmen in het onderscheiden van verschillende soorten T-cellen en het nauwkeurig reconstrueren van transcriptionele factor regulerende netwerken en signaleringsnetwerken. Dit maakt scMINER een waardevolle aanwinst voor onderzoekers die complexe cellulaire processen willen ontleden en verborgen drijfveren in single-cell omics-data willen identificeren. De software is publiekelijk toegankelijk.