Een team uit Tsukuba, Japan, heeft "tomoseqr" ontwikkeld, een softwarepakket ontworpen om 3D-genexpressiepatronen te visualiseren en te analyseren*. Deze innovatie pakt de uitdagingen aan van het begrijpen van de ruimtelijke verdeling van genexpressie, wat cruciaal is voor ontwikkelingsbiologie, ziekteonderzoek en regeneratieve geneeskunde.
De methode, bekend als RNA-tomografie, creëert gedetailleerde 3D-kaarten van genexpressie in weefsels. RNA-tomografie omvat de voorbereiding van bevroren weefselcoupes die zijn uitgelijnd langs drie orthogonale assen, gevolgd door RNA-sequencing. De resulterende gegevens worden vervolgens gesuperponeerd om een 3D-model te reconstrueren dat de genactiviteit laat zien. Tomoseqr vereenvoudigt dit proces met een gebruiksvriendelijke interface, waardoor het maken van weefselmorfologiedata en het visualiseren van 3D-genexpressiemodellen wordt ondersteund.
De effectiviteit van de software is aangetoond met behulp van zebravissen, waarbij het bekende genexpressiepatronen reproduceerde. Onderzoekers analyseerden ook ongeveer 18.000 genen in platwormen, organismen die bekend staan om hun regeneratieve vermogens, en identificeerden genen met ruimtelijke fluctuaties die mogelijk verband houden met wondgenezing en regeneratie.
Tomoseqr is overgenomen door Bioconductor, wat de samenwerking en het delen van middelen bevordert. Onderzoekers geloven dat tomoseqr het begrip van genetische ziekten en de ontwikkeling van gerichte behandelingen kan bevorderen. De toegankelijkheid ervan bevordert interdisciplinair onderzoek, wat mogelijk leidt tot snellere wetenschappelijke doorbraken.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)