I ricercatori hanno sviluppato scMINER, un nuovo strumento computazionale progettato per l'analisi completa dei dati di sequenziamento dell'RNA a singola cella (scRNA-seq). Questo strumento facilita la pre-elaborazione dei dati, il clustering, l'inferenza di rete e la visualizzazione attraverso un'interfaccia intuitiva. ScMINER mira ad aiutare i ricercatori a identificare i geni chiave e le vie di segnalazione all'interno delle singole cellule, offrendo approfondimenti sui meccanismi cellulari.
ScMINER utilizza l'informazione reciproca per misurare la distanza tra le cellule, consentendo un clustering accurato e la retroingegneria delle reti geniche. A differenza di altri metodi, scMINER non si basa su motivi di legame, consentendo la valutazione dell'attività di oltre 6.000 trascrittori e driver di segnalazione da esperimenti scRNA-seq. Lo strumento include anche un portale web per esplorare e condividere i dati scRNA-seq.
I benchmark hanno dimostrato che scMINER supera gli algoritmi esistenti nella distinzione tra diversi tipi di cellule T e nella ricostruzione accurata delle reti regolatorie dei fattori di trascrizione e delle reti di segnalazione. Questo rende scMINER una risorsa preziosa per i ricercatori che mirano a sezionare processi cellulari complessi e identificare driver nascosti nei dati omici a singola cella. Il software è accessibile pubblicamente.