Un team di Tsukuba, in Giappone, ha sviluppato "tomoseqr", una suite software progettata per visualizzare e analizzare i modelli di espressione genica 3D*. Questa innovazione affronta le sfide della comprensione della distribuzione spaziale dell'espressione genica, cruciale per la biologia dello sviluppo, la ricerca sulle malattie e la medicina rigenerativa.
Il metodo, noto come tomografia RNA, crea mappe 3D dettagliate dell'espressione genica all'interno dei tessuti. La tomografia RNA prevede la preparazione di sezioni di tessuto congelato allineate lungo tre assi ortogonali, seguita dal sequenziamento dell'RNA. I dati risultanti vengono quindi sovrapposti per ricostruire un modello 3D che mostra l'attività genica. Tomoseqr semplifica questo processo con un'interfaccia user-friendly, aiutando nella creazione di dati di morfologia tissutale e nella visualizzazione di modelli di espressione genica 3D.
L'efficacia del software è stata dimostrata utilizzando il pesce zebra, dove ha riprodotto modelli di espressione genica noti. I ricercatori hanno anche analizzato circa 18.000 geni nelle planarie, organismi noti per le loro capacità rigenerative, identificando geni con fluttuazioni spaziali potenzialmente legate alla guarigione delle ferite e alla rigenerazione.
Tomoseqr è stato adottato da Bioconductor, migliorando la collaborazione e la condivisione delle risorse. I ricercatori ritengono che tomoseqr possa far progredire la comprensione delle malattie genetiche e lo sviluppo di trattamenti mirati. La sua accessibilità promuove la ricerca interdisciplinare, portando potenzialmente a scoperte scientifiche più rapide.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)