Sebuah tim dari Tsukuba, Jepang, telah mengembangkan "tomoseqr," sebuah perangkat lunak yang dirancang untuk memvisualisasikan dan menganalisis pola ekspresi gen 3D*. Inovasi ini menjawab tantangan dalam memahami distribusi spasial ekspresi gen, yang sangat penting untuk biologi perkembangan, penelitian penyakit, dan pengobatan regeneratif.
Metode ini, yang dikenal sebagai tomografi RNA, menciptakan peta 3D terperinci dari ekspresi gen di dalam jaringan. Tomografi RNA melibatkan persiapan bagian jaringan beku yang disejajarkan sepanjang tiga sumbu ortogonal, diikuti oleh pengurutan RNA. Data yang dihasilkan kemudian ditumpangkan untuk merekonstruksi model 3D yang menunjukkan aktivitas gen. Tomoseqr menyederhanakan proses ini dengan antarmuka yang ramah pengguna, membantu dalam pembuatan data morfologi jaringan dan visualisasi model ekspresi gen 3D.
Efektivitas perangkat lunak ini ditunjukkan dengan menggunakan ikan zebra, di mana ia mereproduksi pola ekspresi gen yang diketahui. Para peneliti juga menganalisis sekitar 18.000 gen pada planaria, organisme yang dikenal karena kemampuan regeneratifnya, mengidentifikasi gen dengan fluktuasi spasial yang berpotensi terkait dengan penyembuhan luka dan regenerasi.
Tomoseqr telah diadopsi oleh Bioconductor, meningkatkan kolaborasi dan berbagi sumber daya. Para peneliti percaya tomoseqr dapat memajukan pemahaman tentang penyakit genetik dan pengembangan perawatan yang ditargetkan. Aksesibilitasnya mempromosikan penelitian interdisipliner, yang berpotensi mengarah pada terobosan ilmiah yang lebih cepat.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)