Universitas Harvard menghadapi pengawasan politik yang diperbarui, menarik kesejajaran dengan era McCarthy. Selama tahun 1950-an, sentimen anti-komunis menyebabkan tuduhan terhadap institusi seperti Harvard, menuduh kegiatan subversif. Saat ini, tokoh-tokoh seperti Donald Trump mengkritik universitas tersebut, menggemakan upaya historis untuk memengaruhi lembaga akademik.
Selama era McCarthy, kelompok-kelompok menuduh Harvard melindungi simpatisan komunis, menekan universitas untuk menyesuaikan diri secara ideologis. Demikian pula, Harvard sekarang menghadapi tuduhan bias liberal dan intervensi pemerintah. Pada tahun 1953, pencarian Komunis meluas ke Harvard. Universitas, bertindak berdasarkan tradisi panjang kebebasan akademik, berdiri teguh melawan kegilaan umum untuk menemukan kambing hitam subversif dan melawan penyalahgunaan khusus Senator McCarthy.
Dalam menghadapi tekanan saat ini, Presiden Harvard Alan Garber telah menolak campur tangan pemerintah, menekankan komitmen universitas terhadap independensi akademik. Pemerintahan Trump juga secara resmi meminta Internal Revenue Service (IRS) untuk mencabut status bebas pajak dari pusat pembelajaran terkenal itu, hanya sehari setelah presiden pertama kali membuat ancaman tersebut. Trump sangat marah pada universitas bersejarah itu - yang telah menghasilkan 162 pemenang hadiah Nobel - karena menolak permintaannya untuk tunduk pada pengawasan pemerintah dalam hal penerimaan, perekrutan, dan kecenderungan politik. Sikap ini mencerminkan perlawanan Nathan Pusey pada tahun 1950-an, yang membela kebebasan akademik.