Homo sapiens peut être la dernière espèce humaine survivante, mais nous n'avons pas toujours été seuls. Pendant une grande partie de notre histoire, nous avons coexisté avec d'autres membres de notre genre, et nos ancêtres préhistoriques ont eu des relations avec des Néandertaliens et des Denisoviens.
Des millénaires ont passé depuis lors, mais nous portons toujours les conséquences de ces interactions. Les récentes avancées dans l'analyse de l'ADN ancien et le séquençage du génome permettent aux scientifiques de comprendre comment ce mélange génétique précoce continue de façonner notre santé, notre apparence et notre physiologie aujourd'hui.
En examinant les données existantes sur l'introgression humaine archaïque (le transfert de matériel génétique d'une espèce dans le pool génétique d'une autre) dans le génome humain moderne, les auteurs d'une nouvelle étude expliquent qu'à mesure que Homo sapiens a migré d'Afrique par vagues, différentes populations humaines se sont retrouvées dans des positions pour se reproduire avec des Néandertaliens dans diverses régions de l'Eurasie. En conséquence, les individus modernes présentent une mosaïque complexe de traits introgressifs hérités de cette lignée désormais éteinte.
Des travaux récents ont également révélé que Homo sapiens s'est croisé avec trois populations distinctes de Denisoviens, ce qui a conduit tous les individus non africains à recevoir environ 2% de leur génome des Néandertaliens, tandis que certains groupes de populations indigènes en Océanie possèdent un supplément de 2 à 5% d'ADN denisovien.
En enquêtant sur la manière dont ces gènes archaïques nous influencent, les auteurs expliquent que l'ADN néandertalien pourrait avoir augmenté la taille de nos nez, tandis que l'héritage denisovien est lié à la largeur de nos lèvres. Cette conclusion est basée sur des études antérieures indiquant que les Denisoviens avaient probablement des lèvres plus étroites que l'homme moderne moyen.
Il existe également des preuves suggérant que les gènes néandertaliens pourraient avoir modifié notre rythme circadien, nous rendant plus susceptibles de nous réveiller tôt le matin.
Cependant, la majorité des séquences génétiques survivantes dérivées de nos parents éteints sont associées à la fonction du système immunitaire. Les chercheurs notent que ce n'est pas particulièrement surprenant, car les Néandertaliens et les Denisoviens auraient été mieux adaptés pour faire face aux types de pathogènes en Eurasie que les Homo sapiens arrivant d'Afrique. Ainsi, le croisement avec les populations locales a permis à nos ancêtres anciens d'acquérir des gènes bénéfiques qui offraient une protection contre les microbes infectieux, qui ont ensuite été transmis par sélection naturelle.
“Cependant, les variantes associées au système immunitaire héritées des hominines archaïques qui étaient bénéfiques pour les humains modernes dans ces nouveaux environnements peuvent également contribuer à la susceptibilité aux maladies chez les individus contemporains,” déclarent les auteurs. Par exemple, bien qu'un cluster de gènes néandertaliens sur le chromosome 12 semble offrir une protection contre les symptômes graves de COVID, un autre sur le chromosome 3 pourrait en réalité augmenter notre susceptibilité à la maladie.
Entre-temps, une analyse des génomes japonais modernes révèle un lien entre l'ADN denisovien et des conditions de santé telles que le diabète de type II et la maladie coronarienne.
De telles découvertes ont aidé à déchiffrer l'histoire génétique de notre espèce, mais de nombreuses lacunes demeurent. Par exemple, il reste encore à clarifier comment le flux génétique entre différentes espèces humaines affecte l'ADN des populations africaines modernes, certains scientifiques croyant que ces groupes pourraient porter la signature génétique d'un hominidé « fantôme » inconnu.
Néanmoins, les auteurs affirment que “les travaux récents continuent de fournir de nouvelles informations sur l'histoire du flux génétique entre les humains modernes, les Néandertaliens et les Denisoviens et montrent clairement que le mélange a eu des conséquences fonctionnelles, phénotypiques et évolutives importantes pour les humains modernes.”