Investigadores han desarrollado scMINER, una nueva herramienta computacional diseñada para el análisis exhaustivo de datos de secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq). Esta herramienta facilita el preprocesamiento de datos, la agrupación (clustering), la inferencia de redes y la visualización a través de una interfaz fácil de usar. ScMINER tiene como objetivo ayudar a los investigadores a identificar genes clave y vías de señalización dentro de las células individuales, ofreciendo información sobre los mecanismos celulares.
ScMINER utiliza información mutua para medir la distancia entre las células, lo que permite una agrupación precisa y la ingeniería inversa de las redes de genes. A diferencia de otros métodos, scMINER no se basa en motivos de unión, lo que permite la evaluación de la actividad de más de 6,000 transcriptores y controladores de señalización a partir de experimentos de scRNA-seq. La herramienta también incluye un portal basado en la web para explorar y compartir datos de scRNA-seq.
Las pruebas comparativas han demostrado que scMINER supera a los algoritmos existentes en la distinción entre diferentes tipos de células T y en la reconstrucción precisa de las redes reguladoras de factores de transcripción y las redes de señalización. Esto convierte a scMINER en un activo valioso para los investigadores que buscan analizar procesos celulares complejos e identificar impulsores ocultos en datos ómicos unicelulares. El software es de acceso público.