Avances en las técnicas de cultivo anaeróbico para el estudio del microbioma intestinal

La investigación del microbioma está transformando el tratamiento de enfermedades y las soluciones ambientales. El cultivo de microbios es esencial para describirlos y definir sus funciones. También permite realizar experimentos controlados para validar las predicciones de los datos moleculares. Las técnicas actuales de cultivo anaeróbico existen desde la década de 1960, pero nuevas estrategias las están mejorando. Los métodos de cultivo anaeróbico de alto rendimiento se enfrentan a desafíos de implementación. Sin embargo, pueden generar avances científicos, especialmente en los estudios del microbioma intestinal. El microbioma intestinal es crucial para la salud humana y está dominado por microbios anaeróbicos. Los métodos de cultivo de nueva generación pueden cambiar el campo de la asociación a la causalidad. Los científicos han estado aislando bacterias intestinales durante 60 años. La 'culturomía' surgió a principios de la década de 2010 para abordar la baja fracción de microbios cultivados. La espectrometría de masas MALDI-TOF facilita la identificación rápida de aislados. Sin embargo, la mayoría de los enfoques de culturomía siguen siendo manuales y el rendimiento es bajo. Una gran fracción de bacterias permanece sin describir (30-60% en ambientes intestinales). Incluso para los taxones descritos, la mayoría de las funciones están mal definidas. Estas incógnitas microbianas desafían la innovación basada en el microbioma. Comprender la evolución de la cepa en un solo huésped es crucial, al igual que el almacenamiento controlado para evitar la pérdida funcional durante el cultivo in vitro. Los métodos innovadores de cultivo anaeróbico se enfrentan a desafíos reconocidos desde hace mucho tiempo. Ahora tenemos el conocimiento y las tecnologías para superarlos. Las técnicas ampliadas pueden impulsar el aislamiento, la identificación y el almacenamiento. Las plataformas específicas pueden mejorar las condiciones de cultivo para las especies difíciles de cultivar, lo que permite comparaciones funcionales multiplexadas, análisis de alta resolución y edición de genes.