Un equipo de Tsukuba, Japón, ha desarrollado "tomoseqr", un conjunto de software diseñado para visualizar y analizar patrones de expresión génica 3D*.
Esta innovación aborda los desafíos de comprender la distribución espacial de la expresión génica, crucial para la biología del desarrollo, la investigación de enfermedades y la medicina regenerativa. El método, conocido como tomografía de ARN, crea mapas 3D detallados de la expresión génica dentro de los tejidos.
La tomografía de ARN implica la preparación de secciones de tejido congelado alineadas a lo largo de tres ejes ortogonales, seguida de la secuenciación de ARN. Los datos resultantes se superponen para reconstruir un modelo 3D que muestra la actividad génica. Tomoseqr simplifica este proceso con una interfaz fácil de usar, que ayuda en la creación de datos de morfología tisular y la visualización de modelos de expresión génica 3D.
La eficacia del software se demostró utilizando peces cebra, donde reprodujo patrones de expresión génica conocidos. Los investigadores también analizaron aproximadamente 18,000 genes en planarias, organismos conocidos por sus capacidades regenerativas, identificando genes con fluctuaciones espaciales potencialmente relacionadas con la curación de heridas y la regeneración.
Tomoseqr ha sido adoptado por Bioconductor, lo que mejora la colaboración y el intercambio de recursos. Los investigadores creen que tomoseqr puede avanzar en la comprensión de las enfermedades genéticas y el desarrollo de tratamientos dirigidos. Su accesibilidad promueve la investigación interdisciplinaria, lo que podría conducir a avances científicos más rápidos.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)