日本筑波的一個團隊開發了“tomoseqr”，這是一款旨在可視化和分析 3D* 基因表達模式的軟體套件。 這一創新解決了理解基因表達空間分佈的挑戰，這對於發育生物學、疾病研究和再生醫學至關重要。 該方法被稱為 RNA 斷層掃描，可創建組織內基因表達的詳細 3D 圖譜。 RNA 斷層掃描包括製備沿三個正交軸對齊的冷凍組織切片，然後進行 RNA 測序。 然後將生成的數據疊加以重建顯示基因活性的 3D 模型。 Tomoseqr 通過用戶友好的界面簡化了此過程，有助於組織形態數據的創建和 3D 基因表達模型的可視化。 該軟體的有效性已通過斑馬魚得到證明，它再現了已知的基因表達模式。 研究人員還分析了渦蟲中約 18,000 個基因，渦蟲是因其再生能力而聞名的生物，識別出具有可能與傷口癒合和再生相關的空間波動的基因。 Tomoseqr 已被 Bioconductor 採用，從而加強了協作和資源共享。 研究人員認為，tomoseqr 可以促進對遺傳疾病的理解和靶向治療的開發。 它的可訪問性促進了跨學科研究，有可能帶來更快的科學突破。
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)