日本筑波嘅一個團隊開發咗「tomoseqr」，呢個係一個旨在可視化同分析 3D* 基因表達模式嘅軟件套件。呢個創新解決咗理解基因表達空間分佈嘅挑戰，呢個對於發育生物學、疾病研究同再生醫學至關重要。呢個方法叫做 RNA 斷層掃描，可以喺組織入面創建基因表達嘅詳細 3D 圖譜。 RNA 斷層掃描包括製備沿住三個正交軸對齊嘅冷凍組織切片，然後進行 RNA 測序。然後將生成嘅數據疊加，以重新構建顯示基因活性嘅 3D 模型。Tomoseqr 通過用戶友好嘅界面簡化咗呢個過程，有助於組織形態數據嘅創建同 3D 基因表達模型嘅可視化。 呢個軟件嘅有效性已經通過斑馬魚得到證明，佢重現咗已知嘅基因表達模式。研究人員重分析咗渦蟲入面嘅大約 18,000 個基因，渦蟲係因為佢哋嘅再生能力而出名嘅生物，識別出具有可能同傷口癒合同再生相關嘅空間波動嘅基因。 Tomoseqr 已經俾 Bioconductor 採用，從而加強咗協作同資源共享。研究人員認為，tomoseqr 可以促進對遺傳疾病嘅理解同靶向治療嘅開發。佢嘅可訪問性促進咗跨學科研究，有可能帶來更快嘅科學突破。
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)