日本筑波的一个团队开发了“tomoseqr”，这是一款旨在可视化和分析 3D* 基因表达模式的软件套件。 这一创新解决了理解基因表达空间分布的挑战，这对于发育生物学、疾病研究和再生医学至关重要。 该方法被称为 RNA 断层扫描，可创建组织内基因表达的详细 3D 图谱。 RNA 断层扫描包括制备沿三个正交轴对齐的冷冻组织切片，然后进行 RNA 测序。 然后将生成的数据叠加以重建显示基因活性的 3D 模型。 Tomoseqr 通过用户友好的界面简化了此过程，有助于组织形态数据的创建和 3D 基因表达模型的可视化。 该软件的有效性已通过斑马鱼得到证明，它再现了已知的基因表达模式。 研究人员还分析了涡虫中约 18,000 个基因，涡虫是因其再生能力而闻名的生物，识别出具有可能与伤口愈合和再生相关的空间波动的基因。 Tomoseqr 已被 Bioconductor 采用，从而加强了协作和资源共享。 研究人员认为，tomoseqr 可以促进对遗传疾病的理解和靶向治疗的开发。 它的可访问性促进了跨学科研究，有可能带来更快的科学突破。
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)