Des chercheurs ont développé scMINER, un nouvel outil computationnel conçu pour l'analyse complète des données de séquençage d'ARN unicellulaire (scRNA-seq). Cet outil facilite le prétraitement des données, le clustering, l'inférence de réseau et la visualisation grâce à une interface conviviale. ScMINER vise à aider les chercheurs à identifier les gènes clés et les voies de signalisation au sein des cellules individuelles, offrant ainsi des perspectives sur les mécanismes cellulaires.
ScMINER utilise l'information mutuelle pour mesurer la distance entre les cellules, permettant un clustering précis et la rétro-ingénierie des réseaux de gènes. Contrairement à d'autres méthodes, scMINER ne repose pas sur des motifs de liaison, ce qui permet d'évaluer l'activité de plus de 6 000 transcrits et moteurs de signalisation à partir d'expériences scRNA-seq. L'outil comprend également un portail web pour explorer et partager les données scRNA-seq.
Les tests de performance ont démontré que scMINER surpasse les algorithmes existants pour distinguer les différents types de cellules T et reconstruire avec précision les réseaux de régulation des facteurs de transcription et les réseaux de signalisation. Cela fait de scMINER un atout précieux pour les chercheurs qui cherchent à disséquer les processus cellulaires complexes et à identifier les moteurs cachés dans les données omiques unicellulaires. Le logiciel est accessible au public.