Une méthode révolutionnaire appelée MATQ-seq permet aux scientifiques de plonger dans le monde complexe des cellules bactériennes individuelles. Cette technologie avancée fournit des profils d'expression génique à haute résolution, offrant des informations sans précédent sur la façon dont les bactéries réagissent à divers stimuli, notamment le stress et les antibiotiques.
MATQ-seq fonctionne en capturant l'ARNm, qui révèle les gènes spécifiques qui sont actifs dans chaque cellule. Contrairement aux méthodes précédentes, MATQ-seq retient environ 95 % des cellules, assurant une analyse plus précise et complète du comportement bactérien. Ce taux de rétention amélioré permet aux chercheurs d'étudier même de petites populations bactériennes dans des niches d'hôtes ou des bactéries intracellulaires.
La technique peut détecter entre 300 et 600 gènes par cellule, fournissant des informations approfondies sur les états bactériens tels que le métabolisme et la virulence. En comprenant ces états, les scientifiques peuvent développer des traitements plus efficaces et ciblés contre les infections. Le protocole MATQ-seq amélioré intègre l'automatisation, une transcriptase inverse plus efficace et une déplétion de l'ARNr basée sur Cas9, ce qui entraîne une réduction de la perte de cellules et une meilleure capture des transcrits. Cette avancée promet une nouvelle ère en microbiologie, permettant un profilage à haute résolution de l'activité génique dans des communautés microbiennes complexes.