Progrès dans les techniques de culture anaérobie pour l'étude du microbiome intestinal

La recherche sur le microbiome transforme le traitement des maladies et les solutions environnementales. La culture de microbes est essentielle pour les décrire et définir leurs fonctions. Elle permet également de réaliser des expériences contrôlées pour valider les prédictions des données moléculaires. Les techniques actuelles de culture anaérobie existent depuis les années 1960, mais de nouvelles stratégies les améliorent. Les méthodes de culture anaérobie à haut débit sont confrontées à des défis de mise en œuvre. Cependant, elles peuvent générer des percées scientifiques, en particulier dans les études du microbiome intestinal. Le microbiome intestinal est crucial pour la santé humaine et dominé par les microbes anaérobies. Les méthodes de culture de nouvelle génération peuvent faire passer le domaine de l'association à la causalité. Les scientifiques isolent des bactéries intestinales depuis 60 ans. La 'culturomique' a émergé au début des années 2010 pour remédier à la faible fraction de microbes cultivés. La spectrométrie de masse MALDI-TOF facilite l'identification rapide des isolats. Cependant, la plupart des approches de culturomique restent manuelles et le débit est faible. Une grande fraction de bactéries reste non décrite (30 à 60 % dans les environnements intestinaux). Même pour les taxons décrits, la plupart des fonctions sont mal définies. Ces inconnues microbiennes mettent au défi l'innovation basée sur le microbiome. Comprendre l'évolution des souches chez un seul hôte est crucial, tout comme le stockage contrôlé pour empêcher la perte fonctionnelle pendant la culture in vitro. Les méthodes innovantes de culture anaérobie sont confrontées à des défis reconnus depuis longtemps. Nous avons maintenant les connaissances et les technologies pour les surmonter. Les techniques à grande échelle peuvent stimuler l'isolement, l'identification et le stockage. Des plateformes spécifiques peuvent améliorer les conditions de culture pour les espèces difficiles à cultiver, permettant des comparaisons fonctionnelles multiplexées, une analyse à haute résolution et l'édition de gènes.