Une équipe de Tsukuba, au Japon, a développé «tomoseqr», une suite logicielle conçue pour visualiser et analyser les modèles d'expression génique 3D*.
Cette innovation répond aux défis de la compréhension de la distribution spatiale de l'expression génique, cruciale pour la biologie du développement, la recherche sur les maladies et la médecine régénérative. La méthode, connue sous le nom de tomographie ARN, crée des cartes 3D détaillées de l'expression génique dans les tissus.
La tomographie ARN implique la préparation de coupes de tissus congelés alignées le long de trois axes orthogonaux, suivie d'un séquençage d'ARN. Les données résultantes sont ensuite superposées pour reconstruire un modèle 3D montrant l'activité des gènes. Tomoseqr simplifie ce processus grâce à une interface conviviale, facilitant la création de données de morphologie tissulaire et la visualisation de modèles d'expression génique 3D.
L'efficacité du logiciel a été démontrée en utilisant le poisson-zèbre, où il a reproduit des modèles d'expression génique connus. Les chercheurs ont également analysé environ 18 000 gènes chez les planaires, des organismes connus pour leurs capacités de régénération, identifiant des gènes avec des fluctuations spatiales potentiellement liées à la cicatrisation et à la régénération.
Tomoseqr a été adopté par Bioconductor, améliorant la collaboration et le partage de ressources. Les chercheurs pensent que tomoseqr peut faire progresser la compréhension des maladies génétiques et le développement de traitements ciblés. Son accessibilité favorise la recherche interdisciplinaire, conduisant potentiellement à des percées scientifiques plus rapides.
* Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, Hirata H, Ozaki H (2025) tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography. PLoS ONE 20(1)