Forscher der University of California San Diego haben ein neues Tool namens ROADIES entwickelt. Dieses Tool vereinfacht den Prozess der Ableitung von Artenstammbäumen aus Rohgenomdaten. Es reduziert die Abhängigkeit von Fachwissen und Rechenressourcen.
ROADIES automatisiert den Prozess der Ableitung von Artenstammbäumen und macht ihn so für Wissenschaftler zugänglicher. Das Tool verwendet eine zufällige Stichprobe von Loci aus Eingangsgenomen, wodurch die Notwendigkeit einer Genomannotation entfällt. Dieser Ansatz reduziert auch den erforderlichen Rechenaufwand.
Die Forscher zeigten, dass ROADIES Ergebnisse liefert, die mit modernsten Studien vergleichbar sind. Dies geschieht in einem Bruchteil der Zeit und des Aufwands. ROADIES kann für jede Art verwendet werden und ist auf Datensätze mit Hunderten von Genomen skalierbar.
Die Forscher arbeiten daran, die Fähigkeiten von ROADIES weiter zu verbessern. Dazu gehört die Platzierung neuer Taxa auf bestehenden Artenstammbäumen. Sie untersuchen auch den Einsatz von GPUs zur Verarbeitung größerer Datensätze.
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