Forscher haben scMINER entwickelt, ein neues Computerwerkzeug zur umfassenden Analyse von Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten (scRNA-seq). Dieses Tool erleichtert die Datenvorverarbeitung, das Clustering, die Netzwerkinferenz und die Visualisierung über eine benutzerfreundliche Oberfläche. ScMINER zielt darauf ab, Forschern bei der Identifizierung von Schlüsselgenen und Signalwegen in einzelnen Zellen zu helfen und Einblicke in zelluläre Mechanismen zu bieten.
ScMINER verwendet Mutual Information, um die Distanz zwischen Zellen zu messen, was ein genaues Clustering und Reverse Engineering von Gennetzwerken ermöglicht. Im Gegensatz zu anderen Methoden stützt sich scMINER nicht auf Bindungsmotive, was die Aktivitätsbewertung von über 6.000 Transkriptions- und Signaltreibern aus scRNA-seq-Experimenten ermöglicht. Das Tool umfasst auch ein webbasiertes Portal zum Erkunden und Teilen von scRNA-seq-Daten.
Benchmarking hat gezeigt, dass scMINER bestehende Algorithmen bei der Unterscheidung zwischen verschiedenen Arten von T-Zellen übertrifft und Transkriptionsfaktor-Regulationsnetzwerke und Signalnetzwerke genau rekonstruiert. Dies macht scMINER zu einem wertvollen Werkzeug für Forscher, die komplexe zelluläre Prozesse untersuchen und versteckte Treiber in Einzelzell-Omics-Daten identifizieren möchten. Die Software ist öffentlich zugänglich.